Neste mundo, existe pessoas com habilidades especiais de manipular objetos e transformar um objeto em outro. Estes pessoas são conhecidas como alquimistas. Este processo através da Troca Equivalente, a lei básica da alquimia, ou seja, para ganhar algo você tem que sacrificar algo do mesmo valor. O personagem principal é o alquimista famoso Edward Elric - conhecido também como o alquimista de Aço (FullMetal Alchemist) - que quase perdeu seu irmão pequeno, Alphonse, em um acidente. Edward conseguiu conter a alma do seu irmão em uma grande armadura. Mas para salvar a alma de seu irmão, ele teve que pagar um preço alto. Para recuperar o que perderam, os irmãos embarcam em uma viagem para encontrar a Pedra Filosofal que segundo os boatos aumenta muito os poderes da alquimia.